1. DNA去甲基化的方式？
答：有兩種方式: 1） 被動途徑: 由于核因子N F 粘附甲基化的DNA , 使粘附點附近的DNA不能被完全甲基化, 從而阻斷DNM T1 的作用; 2） 主動途徑: 是由去甲基酶的作用, 將甲基集團移去的過程。在DNA 甲基化阻遏基因表達的過程中, 甲基化CpG 粘附蛋白起著重要作用。雖然甲基化DNA 可直接作用于甲基化敏感轉錄因子E2F、CREB、A P2、CM ycöM yn、N F2KB、Cmyb、Ets, 使它們失去結合DNA 的功能從而阻斷轉錄, 但是, 甲基化CpG 粘附分子可作用于甲基化非敏感轉錄因子（SP1、CTF、YY1） , 使它們失活, 從而阻斷轉錄。人們已發現5 種帶有恒定的甲基化DNA 結合域（MBD ） 的甲基化CpG 粘附蛋白。其中M ECP2、MBD1、MBD2、MBD3 參與甲基化有關的轉錄阻遏;MBD1 有糖基轉移酶活性, 可將T 從錯配堿基對TöG 中移去,MBD4 基因的突變還與線粒體不穩定的腫瘤發生有關。在MBD2 缺陷的小鼠細胞中, 不含M ECP1 復合物, 不能有效阻止甲基化基因的表達。這表明甲基化CpG 粘附蛋白在DNA 甲基化方式的選擇, 以及DNA 甲基化與組蛋白去乙酰化、染色質重組相互聯系中的有重要作用。
2. DNA甲基化是什么？
 答：甲基化（DNA methylation） DNA甲基化是*早發現的修飾途徑，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色質結構、DNA構象、DNA穩定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變，從而控制基因表達。 在甲基轉移酶的催化下，DNA的CG兩個核苷酸的胞嘧啶被選擇性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，這常見于基因的5＇-CG-3＇序列。大多數脊椎動物基因組DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5＇端的非編碼區，并成簇存在。甲基化位點可隨DNA的復制而遺傳，因為DNA復制后，甲基化酶可將新合成的未甲基化的位點進行甲基化。DNA的甲基化可引起基因的失活。 DNA甲基化主要形成5－甲基胞嘧啶（5-mC）和少量的N6-甲基嘌呤（N6-mA）及7－甲基鳥嘌呤（7-mG）
3. DNA甲基化發生在什么位置？ 
答：含有很多CpG 結構, 2CpG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結構。基因組中60%～ 90% 的CpG 都被甲基化, 未甲基化的CpG 成簇地組成CpG 島, 位于結構基因啟動子的核心序列和轉錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉錄的進行。DNA 甲基化可引起基因組中相應區域染色質結構變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質高度螺旋化, 凝縮成團, 失去轉錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發生堿基錯配: T2G, 如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發遺傳病或癌癥, 而且, 生物體甲基化的方式是穩定的, 可遺傳的。
4. DNA甲基轉移酶有哪些？
答：DNA 甲基轉移酶有兩種: 1） DNM T1, 持續性DNA 甲基轉移酶—— 作用于僅有一條鏈甲基化的
DNA 雙鏈, 使其完全甲基化, 可參與DNA 復制雙鏈中的新合成鏈的甲基化,DNM T1 可能直接與
HDAC （組蛋白去乙酰基轉移酶） 聯合作用阻斷轉錄; 2）DNM T3a、DNM T3b 從頭甲基轉移酶, 它們可甲
基化CpG, 使其半甲基化, 繼而全甲基化。從頭甲基轉移酶可能參與細胞生長分化調控, 其中DNM T3b
在腫瘤基因甲基化中起重要作用。
5. DNA 甲基化的作用？
答：
1） 基因C →T 突變
DNA 甲基化引起基因突變的機制主要是由于DMT 催化反應形成。DMT 可以加快C（胞嘧啶） 和
5mC 脫氨,封閉U（尿嘧啶） 的修復,并且使U →T 改變,故DMT 促使CpG 序列的C →T 突變 。
抑癌基因p53 就是一個典型的例證。50% 實體瘤病人出現p53 基因突變。突變中24% 是CpG 甲
基化后脫氨引起的C→T 突變。
2） 影響基因錯配修復
DNA 錯配修復系統（DNAmismatch repair system，MMR） 是指存在人類細胞中的一種修復DNA 堿
基錯配的安全保障體系，它是由一系列特異修復DNA 堿基錯配的酶分子組成。Ahujia 等研究發現MMR
缺陷時,CpG 島的甲基化增強,并認為MMR 與DNA 甲基化有關。在基因錯配修復過程中甲基化具有導
向識別作用,而在錯配修復基因表達缺陷的原因中基因突變和基因啟動子區的高甲基化是其主要原
因 。
3） 基因沉默
目前認為,甲基化影響基因表達的機制有下列幾種： ①直接作用。基因的甲基化改變了基因的
構型，影響DNA 特異順序與轉錄因子的結合,使基因不能轉錄； ②間接作用。基因5′端調控序列甲
基化后與核內甲基化CG 序列結合蛋白（methyl CG-binding p rotein）結合，阻止了轉錄因子與基因形成轉
錄復合物； ③DNA 去甲基化為基因的表達創造了一個良好的染色質環境。DNA 去甲基化常與DNase
I 高敏感區同時出現,后者為基因活化的標志。
6. DNA 甲基化的檢測方法？
方法概括起來可分為三類：基因組整體水平的甲基化檢測、基因特異位點甲基化的檢測和新甲基化位
點的尋找。
1） 基因組整體水平甲基化分析
a） 高效液相色譜柱（HPLC）及相關方法
b） SssI 甲基轉移酶法
c） 免疫化學法
d） 氯乙醛法
2） 特異性位點的DNA 甲基化的檢測
a） 甲基化敏感性限制性內切酶（MS-RE）-PCR/Southern法 b） 直接測序法 c） 甲基化特異性的PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR） d） 甲基化敏感性單核苷酸引物延伸（Ms-SnuPE） e） 結合重亞硫酸鹽的限制性內切酶法（combined bisulfite restriction analysis，COBRA） f） 甲基化敏感性單鏈構象分析（methylation-specific single-strand conformation analysis，MS-SSCA） g） 甲基化敏感性變性梯度凝膠電泳（methylation-specific denaturing gradient gel electrophoresis，MS-DGGE） h） 甲基化敏感性解鏈曲線分析（methylation-specific melting curve analysis，MS-MCA） i） 熒光法（Methylight） j） DNA微陣列法 k） 甲基化敏感性斑點分析（methylation sensitive dot blotassay，MS-DBA） l） 甲基化特異性多連接依賴性探針擴（Methylation-Specific multiplex ligation-dependent probe amplification，MS-MLPA） 3） 甲基化新位點的尋找 a） 限制性標記基因組掃描（restriction landmark genomic sCANning，RLGS） b） MBD（Methyl-CpG binding domain column chromatography，甲基化結合區）柱層析法 c） 聯合甲基化敏感性限制性內切酶的MBD（Combination of methylated-DNA precipitation ａnd methylation-sensitive restriction enzymes，COMPARE-MS）

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