研究蛋白質糖基化的兩種常用方法：
1. 以放射性單糖標記細胞，使其被攝取后加在糖骨架上；
2.以特異性的化學試劑或酶裂解成分處理純化的多肽，去除部分或全部的糖基。
糖基化
在研究蛋白質的糖基化時，使用特異性抗體通過免疫沉淀相應的抗原是極為有用的方法。當蛋白質在SDS-PAGE中遷移時，首先要注意的就是糖基化。免疫沉淀下來的蛋白質如果被糖基化，則計算出的分子質量就比預計的大30％～50％，而且條帶會變寬。糖基化對細胞有多種作用，但主要是作為蛋白質轉運的特殊步驟中的標記蛋白，蛋白質的結構改變可導致其活性改變�；蛱峁┘毎獾慕Y合區，從而對細胞內的信號傳導及組織發育發揮作用。
特異性抗體有助于兩種過程的實施。
1. 在標記的單糖發揮作用之后，將蛋白質沉淀并通過SDS-PAGE分離，然后檢測其放射活性。摻有[32S]標記的蛋氨酸或其他氨基酸的蛋白質可進行免疫沉淀，然后以化學的或酶裂解成分處理或不加處理，通過SDS-PAGE分離后檢測活性的改變。
2. 活細胞用[3H]半乳糖或[3H]甘露糖進行放射標記，標記時間應較短，不超過1h，因為多糖可很快參與多種不同的生物合成途徑，含糖復合物以外的其他大分子中也可標記。斷裂也是問題，因為沒有簡單的方法可破壞所有的糖基化或全部的N端糖基化或O端糖基化。多肽—N糖基酶F常被用來裂解N端糖基，它可以斷裂大部分的N端糖基。其他常用的酶包括內源性糖苷酶H和內源性糖苷酶F。盡管從技術上講化學裂解較為復雜，但許多研究者認為一旦在實驗室建立該方法，便更可靠有效。*常用的化學裂解物是無水氟甲噻嗪。
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